大陆今日起开放中国台湾居民申请居住证又恰逢中国个人所得税的税法修正，因此，引发许多台胞争议是否申请大陆居民申请居住证会会遭到额外的征税或全球查税，对此，熟悉两岸税务的专家人士强调，这根本就是两回事，无论台胞是否申办居住证，所有在大陆所得本来就需要缴税。
大陆自9月1日起开放中国台湾、中国香港、中国澳门三地的居民申请居住证，旨在给予两岸三地的同胞同等的待遇，透过18码身分证明，申请驾照、公共服务、买火车票、办理金融服务、求职等更加便利，不过，由于中国也在今天修正了个人所得税法规定，预计将税务居民在时间资格认定上，改为一纳税年度内居住是否满183天，以符合国际趋势下，由于条件放宽，也引发联想。
面对其他涉税疑虑，台湾的商业人士表示，国台办已在座谈时回应，中央或于个税法修正时，研拟排外条款。
有学者就以此分析，申办台胞居住证，可能被大陆全球查税。对此北京盈科（上海）律师事务所律师王桦宇澄清，两项政策并无直接连续，国台办基于两岸情况，推动居住证，虽时间相似，但细部概念却不完全相同。
譬如台胞今年十月在大陆待到明年三月，满足居住半年以上，可申办居住证条件，但以纳税年度来讲，一年只待三个月，不满183天，不符合纳税居民认定。
资诚联合会计师事务所两岸税务主持会计师段士良也说，除台胞在大陆所得本来就需依规定申报缴税，近年全球合作追税趋势下，大陆和香港已进行crs（共同申报准则）税务资讯交换，相关资料，以及出入境天数都是可以查询的，因此台胞在课税上，应留意的是大陆今年底将通过的个税法修正，将让在大陆住满183天的台胞被视为税务居民，境外所得就可能被课税，而非居住证。
上海台协副会长、伯恩律师事务所首席合伙人蔡世明直言，对长期在大陆工作、发展的台湾同胞来说，在大陆多数都会待到183天以上，等于“申不申办居住证，都要缴税”，没有太多争议，若一概而论，或许有点过度担忧。
王桦宇也提到，虽台胞申请居住证后，若因回台湾发展等，减低赴大陆天数，居住证上住所登记是否会被认定为税务住所，而需要缴税，仍存在疑虑，但由于居住证的本质并非为了课税，而是提供同等待遇，且大陆个税法也非针对港澳台人士，外籍人士均包含在内，后续审议中，相信仍会回归税法本质，可能特别处理降低争议。
对于再度被提起的重复课税，王桦宇认为，症结点还是在于两岸租税协议无法持续推动，影响资讯共享。
不过蔡世明透漏，针对相关涉税议题，日前台协与国台办开会，讨论居住证申请，以及大陆个所税法修正的疑虑时，由于有台商提出，国台办方面回应表示，已注意到这个问题，并纳入考量，有关单位可能会研拟将台胞或特定对象，排除在外的方式处理。
蔡世明补充，取得居住证能享有的待遇，均是在陆台胞一直以来争取的，而对采集指纹的担心，频繁往来大陆的台商，在申请自助通关时均已采集，利大于弊之下，应会陆续办理，尤其是目前希望长期在大陆发展的台青。此外，就陆方目前态度，在对台政策与施行过程中的问题反馈、沟通一直是畅通的，台胞也会积极主动反应。